농어촌교육지원센터는 2014년 7월 교육부에서 농어촌교육지원센터로 선정되었으며, 농어촌 교육 발전을 위한 정책개발 및 사업 추진을 운영하기 위한 목적으로 설립되었다.

농어촌 교육 지원센터는 농어촌 학교교육의 발전을 위해 정부의 정책방향과 행·재정적 지원을 위임받아 실제적으로 수행하는 중심축으로서의 역할을 수행하고 있다. 또한, 이를 위해 시·도교육청 및 단위학교에서 지속 가능한 농어촌 교육이 이루어질 수 있도록 지원 및 컨설팅하며, 유관 기관과의 협력을 도모하려고 노력하고 있다.