응용생물학 전공에서는 농업생산의 안정성 및 농업생물과 관련된 생물학의 기초분야와 응용분야의 교육과 연구를 수행한다. 최근까지 생물자원의 효율적 보전이라는 전제 아래 식물병과 해충의 방제에 중점을 두어 농업분야에서 기본적이고 실제적으로 응용할 수 있는 실용학문으로 발전되어 왔으며, 근래 분자생물학 및 이에 관련된 분야의 급속한 발전과 농업생물 분야에서 첨단기법의 필요성이 증대되어 농업환경 및 분자생물학 등이 강조된 연구실이 대학원에 신설되어 있다.

식물미생물학 분야에서는 진균, 세균, 바이러스, 선충에 의한 병의 진단, 분자유전학적·생리형태학적 발생메카니즘과 식물병역학, 미생물독소 및 토양환경관련 미생물과 자원식물보호에 관한 연구를 하고 있다. 특히 현재 전세계적으로 첨단 생명과학분야를 이끌고 있는 식물미생물분야의 유전체 기능 연구 및 단백질 발현연구 그리고 식물병 예찰 시스템 개발 등이 활발히 연구되고 있다. 식물미생물학 분야는 각 세부 전공별로 곰팡이 독소학, 식물병역학, 환경미생물학, 식물균병학, 임상식물병리 및 선충학, 식물세균학, 식물바이러스학의 총 7개 전문 연구실로 이루어져 있다.

곤충학 분야에서는 곤충 분류, 생태, 생리 연구와 곤충과 해충을 제어하기 위하여 곤충병리학, 생리활성천연물, 생물농약 등에 대한 연구를 하고 있고 각 세부 전공별로 생리활성천연물, 곤충생태학, 곤충계통분류학, 곤충생리학, 곤충분자생물학, 곤충미생물공학 이상 총 6개 분야의 전문 연구실과 우수한 교수진들이 있다. 특히 응용곤충학 분야에서 중요한 해충에 대한 생물학적 연구는 유익하거나 잘 알려지지 않은 다른 곤충 종들에 비해서 훨씬 더 많이 되어 있다. 앞으로 농업, 임업, 보건 등 우리 인간의 식량과 보건에 심대한 영향을 주는 해충들을 방제할 수 있는 가장 좋은 방법을 알아내기 위해 해충에 대한 생물학적 연구에 많은 관심을 가질 것으로 여겨진다. 이들 각 연구 분야는 상호 유기적인 연관을 가지면서 독자적인 영역을 구축하고 있다.