채소육종연구센터는 차대세 전문육종인력을 양성하고 고품질, 고기능성 미래 지향적 육종 소재 및 품종을 육성하며, 전통육종을 지원할 수 있는 첨단 육종기법을 개발하는 것을 목표로 2010년 9월 농림수산식품부의 농업연구센터로 지정되었다.

본 센터는 교배육종가 교육 및 기초 연구,육종 지원을 위한 제 1 핵심 과제와 산학협력을 통한 품종 육성 및 육종 기술 개발을 목표로 하는 제 2 핵심 과제로 나누어진다. 제 1 핵심과제에서는 육종관련 교과 과정 강화 및 육종가 교육을 위한 국립대학연합 채소육종 특수전공 설치, 국내 및 해외 인턴쉽 추진, 채소작물 육종 매뉴얼 개발, 워크숍 개최 등을 통한 육종가 교육 프로그램을 개발하여 육종 현장에 적합한 미래 전문 인력을 배출함과 동시에 기존 육종가를 재교육 한다. 제2핵심과제에서는 각 세부과제별로 대학과 종자회사 또는 개인 육종가 간의 협력을 통해 고추, 수박, 양파, 배추를 대상으로 우수 품종 육성을 추진한다. 내병성, 기능성, 고품질, 웅성불임성 등을 주요 목표 형질로 하여 유전자원 수집 및 유전분석, 효과적인 육종 방법 개발, 교배를 통한 특성 도입 등의 전반적인 과정을 거쳐 우수 품종을 육성하고 상품화를 추진하도록 한다.

본 센터가 성공적으로 추진되면 참여 대학에서는 체계적인 육종가 교육 시스템을 구축하고 우수한 육종인력을 배출하게 되며 또한 국가적 측면에서는 육종 교육의 체계화를 통해 채소 종자산업의 경쟁력을 확보하게 된다. 본 센터는 향후 채소작물육종 아카데미로 발전하여 국가 채소종자산업 발전의 토대를 마련하게 될 것이다.