바이오시스템공학전공은 첨단과학기술을 다양한 바이오시스템에 적용하는 응용과학으로 농식품 및 유용 생물자원의 생산, 가공, 유통, 소비에 이르는 전주기적 과정에 인공지능, 빅데이터, 원격탐사, 로봇공학, 자율주행, 제어공학, 초분광영상, 생물공정, 바이오센서, 3D 프린팅 등 첨단과학 핵심기술을 접목하여 미래 농업을 개척하는 학문이다. 또한, 기초과학과 공학적 지식을 겸비한 고급 기술 인력과 연구 인력을 양성하여 미래 농식품 산업을 발전시키는 데 기여함을 목표로 삼고 있다.

바이오시스템공학전공은 우리나라의 산업화 과정에서 인간의 먹을거리를 위한 동식물자원의 생산을 기계화, 자동화, 지능화, 정보화함으로써 국가발전에 기여하였으며, 최근에는 4차산업혁명의 핵심기술인 인공지능,빅데이터,사물인터넷 등을 활용하여 스마트팜,무인자율로봇 등의 기술개발과 농업생명산업에 적용하는데  주력하고 있다. 또한, 농식품 산업의 변화에 발맞추어 식품, 바이오 및 화장품 산업에 필요한 하드웨어와 소프트웨어 중심의 공학기술을 제공하는 역할을 담당한다.

바이오시스템공학전공은 전통적으로 농업기계와 건설기계 및 농산물/식품 가공기계를 대상으로 발전하여 왔으나, 다양한 공학기술의 융복합을 통하여 전자 및 정보처리 기술 기반 생물정보처리, 생체물성의 비파괴 측정, 생물생산기계 및 노외기계(건설기계 등)의 설계,원격탐사, GPS와 GIS, 생물생산기계의 자율주행, 생물공정을 이용한 식품소재 개발 및 자동화, 대체에너지 개발과 이용, 농업로봇, 바이오센서 개발, 생체 영상처리기술, 인공지능을 이용한 생물환경조절/생산시스템/농산가공시스템 개발, 빅데이터를 이용한 친환경 생물자원 생산 기술, 생체역학을 응용한 인간공학 및 생체조직공학, 블록체인과 증강현실 등에 관한 연구를 활발히 수행하고 있다.

졸업 후 진로는 자동차, 중공업, 전자 등의 기업체 뿐만 아니라 생물자원 생산 및 가공 관련 기업, 식품산업 관련 기업, 바이오산업 관련기업, 생물정보처리 관련 기업, 국가 연구소, 생물자원 물류 및 플랫폼 기업에 진출하여 바이오시스템 관련 제반연구를 담당하고 있다.